Wilkie era il figlio del ministro di culto in Fife.

Ha sviluppato un amore per l'arte in età precoce.

Nel 1799, dopo aver frequentato la scuola a Pitlessie, Kingskettle e Cupar, il padre a malincuore ha accettato che diventasse pittore.

Attraverso l'influenza del conte di Leven, Wilkie è stato ammesso alla Academy Trustees a Edimburgo, e ha iniziato lo studio dell'arte sotto John Graham.

Da William Allan abbiamo un interessante resoconto dei suoi primi studi, della sua perseveranza indomabile e la potenza di una stretta applicazione, della sua abitudine di frequentare fiere e mercati, e il trasferimento al suo blocco da disegno di tutto ciò che gli sembrava caratteristico e da raccontare in figura o incidente, e della sua ammirazione per le opere di Alexander Carse e David Allan, due pittori scozzesi di scene di vita umile.

Tra le sue immagini di questo periodo potrebbe essere menzionato un soggetto da Macbeth, Ceres nella ricerca di Proserpina e Diana e Calisto, che nel 1803 gli hanno fatto guadagnare un premio di dieci ghinee presso l'Accademia degli Amministratori', mentre i suoi ritratti a matita di se stesso e di sua madre, in possesso del duca di Buccleuch, dimostrano che Wilkie aveva già raggiunto una notevole sicurezza del tratto e del potere di rendere il carattere del dipinto.

Una scena da Allan Ramsay, e uno schizzo della ballata di Hector Macneill di Scozia, sono stati i primi soggetti in cui la sua vera individualità artistica inizia ad affermarsi.

Nel 1804, Wilkie lascia l'Academy Trustees e torna a Cults.

Egli stesso si stabilisce nella canonica e inizia il suo primo oggetto-immagine importante: Fiera di Pitlessie ( illustrazione ), che comprende circa 140 figure, e in cui ha introdotto i ritratti dei suoi vicini e di diversi membri della sua cerchia familiare.

In aggiunta a questo elaborato lavoro, Wilkie è stato molto impegnato al momento su ritratti, sia a casa che in Kinghorn, St Andrews e Aberdeen.

Nella primavera del 1805 lascia la Scozia per trasferirsi a Londra.

Uno dei suoi primi clienti a Londra è stato Robert Stodart, un produttore di pianoforte, una connessione a distanza della famiglia Wilkie, che commissionò il suo ritratto e altri lavori e ha introdotto il giovane artista alla vedova-contessa di Mansfield.

Il figlio di questa signora era l'acquirente dei politici Village, che ha attirato molta attenzione quando è stato esposto alla Royal Academy del 1806.